Ciência e Tecnologia
11.05.2013

Processo automatizado acelera sequenciamento completo do genoma

Testes mostram que novo método HGAP produziu montagens inteira do genoma de três micróbios com quase 100% de precisão

Foto: Roy Kaltschmidt/LBNL
Equipe criou um processo totalmente automatizado de preparação de amostras de DNA
Equipe criou um processo totalmente automatizado de preparação de amostras de DNA

Pesquisadores do U.S. Department of Energy Joint Genome Institute e da Universidade de Washington, nos EUA, desenvolveram um processo totalmente automatizado de preparação de amostras de DNA para determinação completa do genoma.

A montagem do genoma, o equivalente a tentar montar um quebra-cabeça de milhões de peças sem saber qual a imagem a ser formada, ainda era um desafio devido ao grande número de pedaços muito pequenos, que devem ser montados utilizando abordagens atuais.

A nova técnica, conhecida como HGAP (processo de montagem hierárquica do genoma), usa uma plataforma de sequenciamento de DNA de molécula única que gera medidas de até dezenas de milhares de nucleotídeos, mais do que as técnicas atuais.

O método de montagem foi testado com três micróbios anteriormente sequenciados. Os dados coletados foram comparados com as sequências de referência para esses micróbios e a equipe descobriu que o método HGAP produziu montagens finais com quase 100% de precisão.

"Estamos sempre à procura de novas abordagens que vão melhorar a entrega eficiente de dados de alta qualidade para a nossa crescente comunidade de pesquisadores. Esta técnica é uma das muitas melhorias que estamos desenvolvendo", afirma o pesquisador Len Pennacchio.

"A experiência nos proporcionou a capacidade de adaptar o método de sequenciamento e montagem de molécula única para produzir um maior nível de qualidade final do que o que era anteriormente possível através de abordagens padrão e com uma velocidade e preço competitivos com alternativas de próxima geração de sequenciamento e métodos de montagem", observa o pesquisador Jonas Korlach.

A equipe afirma estar ansiosa para ver quais avanços científicos serão habilitados por este método, como a montagem de genomas microbianos.

Os pesquisadores pretendem, agora, estender a utilidade deste novo método de montagem além de micróbios para os genomas de organismos mais complexos.

O trabalho foi relatado na revista Nature Methods.

Fonte: Isaude.net